Занимает площадь 648,7 тыс. га, имеет по периметру 2-х километровую охранную зону площадью 98,9 тыс. га. Территория заповедника включает часть бассейнов рек Негусъях и Малый Юган – правых притоков, впадающего в Обь,
Большого Югана. Центральная усадьба заповедника расположена в пос. Угут, наиболее крупным населенным пунктом вблизи заповедника с населением около 2 тысяч человек. Удаленность ближайшей и самой дальней точек заповедника от центральной усадьбы составляет 30 и 160 км. Вблизи границ заповедника вдоль рек традиционно живут немногочисленные семьи ханты. Лексные научные исследования проводятся на двух стационарах: "Вуяяны" и "Когончины-2".
Здесь заложены учетные и фенологические маршруты, пробные площади, проводятся работы по кольцеванию птиц.

С позиций сегодняшнего дня отчетливо видны своевременность создания заповедника и разумно спланированные проектировщиками границы. Во времена организации заповедника в южной левобережной части Сургутского района практически отсутствовала какая-либо промышленность. В настоящее время заповедник окружен нефтегазовыми месторождениями, большинство из которых уже выставлены на тендер или сданы в аренду.

Растительный мир заповедника
Растительность заповедника относится к Обь-Иртышской геоботанической провинции среднетаежной под зоны таежной зоны.

Зональным типом коренных лесных сообществ водоразделов являются елово- кедровые с пихтой леса. Коренные леса в основном выгорели во время катастрофических лесных пожаров прошлого века, сохранились лишь небольшие участки. Елово-кедровые с пихтой леса имеют одно- или двухъярусное строение. Первый ярус состоит из кедра, пихты, ели. Иногда в первом ярусе присутствует второе поколение кедра. Древостой разрежен из-за того, что старовозрастные ель и пихта отмирают; много сухостоя и валежника. Второй ярус образован теми же хвойными породами более поздних генераций, выражен весьма слабо или совсем отсутствует. Иногда второй ярус как таковой не выражен, отдельные деревья растут в окнах, образовавшихся при отмирании деревьев первого яруса. Напочвенный покров в этих лесах имеет мелкотравно- зеленомошный состав.

На большей части территории заповедника преобладают вторичные леса, представляющие различные стадии после пожарной сукцессии коренных лесов.

На водоразделах реки Негусъях преобладают мелкотравно-зеленомошные осиновые леса; занимают повышенные формы рельефа с легко- и среднесуглинистыми подзолистыми почвами. Первый ярус этих лесов представлен преимущественно осиной в возрасте 130-140 лет. В состав древостоя входит сосна, кедр, береза, единично ель и пихта. Осины, в большинстве своем, поражены грибными болезнями, поэтому находятся сейчас на стадии отмирания. Второй ярус образован темнохвойными породами: кедром, елью, пихтой. Возраст второго яруса 100-120 лет. Наиболее характерными в травяно-кустарничковом ярусе являются виды таежного мелкотравья. Проективное покрытие трав и кустарничков от 15 до 30%. В моховом покрове доминируют гилокомиум блестящий, плевроциум Шребера. Постоянно присутствуют политрихум обыкновенный, дикраниум многоножковый.

Другим распространенным видом производных лесов являются сосновые леса, которые преобладают на водораздельных поверхностях рек Вуяяны и Малый Юган.
Они расположены на хорошо дренированных холмах и подстилаются легкосуглинистыми и супесчаными оподзоленными почвами. Первый ярус образован сосной, иногда с участием кедра и березы бородавчатой. Второй ярус темнохвойный или отсутствует. Травяно-кустарничковый ярус сомкнут на
25-35%. Преобладают кустарнички: черника, брусника, багульник, кроме того, большая доля таежного мелкотравья: осоки шаровидной, хвоща лесного, линнеи северной.

Сосняки лишайниковые (сосновые боры) в заповеднике почти отсутствуют.

На центральных слабо дренированных частях междуречий преобладают олиготрофные сфагновые болота с грядово-мочажинными и грядово-мочажинно- озерковыми фитоценозами, занимающие плоские вершины и пологие склоны крупных болотных массивов. На более крупных склонах болот и не дренированных междуречьях развиваются сосново-кустарничково-сфагновые группы формаций (рямы). Микрорельеф рямов кочковатый, кочки занимают 40% поверхности, высота кочек 0,4-0,7 м.

Осоково-гипновые болота низинного и переходных типов имеют в заповеднике небольшое распространение.

Равнинность территории, удаленность от биогеографических (зональных) границ определяет небольшое флористическое разнообразие. Сосудистых растений на территории заповедника отмечено 334 вида, мхов – 113 видов, лишайников –
165 видов.

Флористическое разнообразие
|Группа растений |Число | | |
| |видов |родов | |
|Грибы |116 |219 | |
|- аскомицеты |13 |14 | |
|- базидиомицеты |103 |205 | |
|Лишайники |44 |165 | |
|Всего низших растений |160 |384 | |
|Мохообразные |47 |113 | |
|Сосудистые |189 |334 | |
|- папоротникообразные |11 |18 | |
|- голосеменные |5 |6 | |
|- покрытосеменные |173 |310 | |
|Из них синантропных | |18 | |
|Всего высших растений |236 |446 | |

В таблице приведено количество родов и видов, достоверно установленных в заповеднике к настоящему времени.
Из видов растений и грибов, занесенных в Красную книгу, в заповеднике встречаются: лобария легочная, надбородник безлистный, рогатик пестиковый и ежевик коралловидный.

Животный мир
Изучение териофауны на территории заповедника началось с 1984 года сотрудниками научного отдела. К 1999 году зафиксировано обитание 36 видов млекопитающих, принадлежащих к 6 отрядам и 13 семействам.

Среди насекомоядных обычны и наиболее многочисленны представители семейства землеройковых, предпочитающие темнохвойные пойменные леса, их численность в сосновых лесах значительно ниже. Наиболее часто встречаются обыкновенная и малая бурозубки, численность равнозубой и средней бурозубок значительно ниже. Бурозубка-крошка очень редка, ежегодно отлавливаются лишь единичные особи. По берегам рек и ручьев водится кутора.

Рукокрылые представлены семейством гладконосых летучих мышей. Отмечено обитание единственного вида – северного кожанка, иногда попадающего в паутинные сети при отлове птиц для кольцевания.

Отряд грызунов представлен 15 видами.

Численность белки в регионе (как и во всем ареале) подвержена резким подъемам и спадам. Основным фактором, определяющим ее колебания, является трофический. Динамика численности имеет огромный размах в зависимости от урожая основных кормов, достигая по годам 10-12-кратного изменения численности популяции. В неурожайные для хвойных растений годы отмечаются массовые миграции, в ходе которых численность белки на непродолжительное время в проходных биотопах поднималась до 500 особей на 1000 га.

Бурундук также распространен по всей лесопокрытой площади заповедника. В оптимальные годы он достигает численности 20-30 особей на 1 км2. Широко распространена, но малочисленна летяга. Из-за сумеречного образа жизни регистрируется редко, предпочитает пойменные смешанные биотопы.

Важной составляющей фауны таежных биотопов являются мышевидные грызуны, служащие основной пищей для различных хищников. В отловах доминирует красная полевка, особенно высокой численности она достигает в пойменных темнохвойных и сосновых зеленомошно-ягодниковых лесах в период массового урожая ягод и кедровых орехов, когда посещаемость ловушек иногда достигает
100%. Рыжая полевка встречается значительно реже и в гораздо меньшем количестве. Очень немногочисленна красно-серая полевка, еще реже встречаются лесная и полевая мыши, а также темная полевка. В заболоченных биотопах и на окраинах болот встречаются полевка-экономка и лесной лемминг.
Лесная мышовка обычно тяготеет к речным поймам, питаясь различными семенами и ягодами. По берегам ручьев и рек с густой травяной растительностью обитает водяная полевка, иногда образуя колониальные поселения.

Ондатра была акклиматизирована в Ханты-Мансийском округе в 1933-1937 гг. и быстро достигла промысловой численности. Однако из-за эпизоотий и неограниченного промысла ее запасы к настоящему времени значительно снизились. В заповеднике ондатра заселяет реки, старицы и озера практически по всей площади, однако высокой численности нигде не достигает.

В прошлом в междуречье Большого и Малого Югана жили речные бобры. Сейчас ближайшим районом их обитания является бассейн реки Демьянки к югу от заповедника. По непроверенным данным следы жизнедеятельности бобров в 1998 году отмечены вблизи охраняемой территории, в 15 км от юго-западного угла заповедника.

Единственным представителем зайцеобразных является заяц-беляк. Встречается во всех биотопах, включая обширные водораздельные болота. Наиболее излюбленные места – поймы рек с густыми зарослями ивняка, где в благоприятные годы достигает плотности населения до 50 особей на 1000 га.
Из хищных млекопитающих в заповеднике обитает 13 видов. Самый многочисленный представитель семейства куньих, насчитывающего 8 видов, соболь, запас которого в благоприятные годы составляет 2-2,5 тысячи особей.
Соболь относится к так называемому тобольскому кряжу, характеризующемуся крупными размерами и светлой окраской меха. Отдельные самцы достигают веса более 1 кг. Встречается повсеместно, однако предпочитает лесопокрытые районы. Максимальной численности (до7-8 особей на 1000 га) достигает в пойменных кедрово-еловых и елово-березовых с пихтой и кедром лесах, в сосновых и смешанных лесах плотность населения несколько ниже (4-5 особей на 1000 га). Численность подвержена значительным колебаниям, в зависимости от урожайности и доступности основных кормов – мышевидных грызунов, кедрового ореха, различных ягод.

Колонок в заповеднике очень редок, и отмечаются, как правило, единичные встречи следов в зимний период. Другие мелкие куньи – ласка и горностай, встречаются гораздо чаще. Численность ласки за последние годы значительно возросла. Предпочитая темнохвойные и сосновые леса, она охотно также посещает и обширные болота. Отмечены случаи прямого преследования мелких куньих более сильным соболем, который вытесняет их из некоторых биотопов.

Барсук – очень редкий на территории заповедника вид, численность которого невысока. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи самих зверей и следов их жизнедеятельности по всей территории.

Обычна и широко распространена росомаха. В заповеднике обитает около 20-30 животных.

Впервые американская норка в округе была выпущена в 1940 году. С тех пор она многократно размножилась и заняла все пригодные местообитания. Выдра встречается значительно реже, однако также является обычным обитателем многих водоемов заповедника.

Во время зимних миграций возможен заход в заповедник песца. В поймах крупных и средних рек обычна лисица, численность которой в последнее время повысилась. Изредка отмечаются встречи с животными, имеющими темную окраску меха, так называемыми чернобурками. Большинство сведений о таких встречах поступает с р.Малого Югана.

Редок в заповеднике волк. Его распространение ограничивает низкая плотность копытных и глубокоснежные зимы. Ежегодно отмечаются лишь единичные встречи пар и одиночек, часто пасущих стада северных оленей.

На охраняемой территории и в прилегающих районах очень редко встречается рысь.

Повсеместно встречается бурый медведь. Стациальное размещение и плотность зависят от наличия и сроков созревания основных кормовых растений. Весной и осенью он часто встречается на открытых болотах. Плотность популяции в оптимальных биотопах составляет около 0,9 особей на 1000 га.

Копытные представлены двумя аборигенными видами – лосем и северным оленем.
В 1990-1991 гг. в заповеднике были отмечены единичные особи кабана, предположительно расселившегося из партии, выпущенной в бассейне р.Демьянки. Однако кабаны здесь не прижились, последние следы отмечены в
1992 году.

Численность северного оленя по результатам авиаучетов за последние 10 лет значительно снизилась. Основной причиной этого – возросший в связи с расширением нефтегазодобычи вблизи границ заповедника фактор беспокойства.
По результатам последних авиаучетов в 1996 году плотность популяции в болотных биотопах составила 1,1 особи на 1000 га.

Излюбленные местообитания лося – пойменные темнохвойные и смешанные леса.
Обилие подроста мелколиственных пород привлекает его на возобновляющиеся гари и старые вырубки. Охотно использует для передвижения и кормежки сейсмологические профили, прорубленные до организации заповедника.
Максимальной плотности достигает в бассейне р.Негусъях, до 1,2 особи на
1000 га.

Фауна земноводных в заповеднике насчитывает 4 вида. Широко распространены серая жаба и остромордая лягушка, а также сибирский углозуб. Очень редко встречается сибирская лягушка.

Из пресмыкающихся отмечены 2 вида – ящерица живородящая и обыкновенная гадюка. Ящерица живородящая – обычный в заповеднике вид, встречается по всей территории, предпочитает хорошо освещенные, разреженные лесные участки и опушки болот. Гадюка обыкновенная – обычна, в определенные годы местами многочисленна, предпочитает влажные биотопы, часто встречается по берегам озер, стариц, в кочкарниках на опушках леса вблизи болот, на верховых болотах.

Птицы
Основными направлениями орнитологических исследований в заповеднике являются инвентаризация орнитофауны, фенология птиц, кольцевание, контроль за состоянием популяций видов, включенных в Красную книгу России, изучение вопросов динамики численности и др. На стационаре Когончины-2 в пойме р.Негусъях проводится отлов птиц паутинными сетями для кольцевания. В течение 10 лет в заповеднике окольцована 13531 особь 103 видов птиц.

На территории заповедника отмечено 93 вида отряда воробьиных (вместе с залетными).

Тетеревиные Юганского заповедника представлены типичными таежными видами – рябчик, тетерев, глухарь и белая куропатка. Известны редкие залеты перепела, относящегося к семейству фазановых.

Единственным представителем семейства аистовых является черный аист – представитель Красной книги России. Он хотя и редко, но регулярно встречающийся в заповеднике и в регионе. Очень редко встречается большая выпь из семейства цапель.

Еще в начале 20 века на территории Сургутского района обычным был белый журавль (стерх). Теперь он здесь не встречается. Единственным представителем семейства журавлиных является серый журавль, гнездящийся в небольшом количестве на обширных болотах. Чаще встречаются в заповеднике другие представители этого отряда – виды семейства пастушковых: коростель, погоныш. В регион также залетают лысуха и камышница.

В заповеднике встречается гусь-гуменник таежного подвида. Гуменник из заповедника зимует в Голландии (имеется возврат кольца), т.е. на территории округа гнездится гуменник западного подвида, более малочисленного, чем восточный. Достаточно широко распространен лебедь-кликун. В последние годы стали отмечаться залеты пеганки, которую относят к группе видов, активно осваивающих новые территории.

Самым массовым видом утиных является чирок-свистунок. Он заселяет все водоемы – поймы рек, озера и озерки среди болот. Ему несколько уступает в численности гоголь, который также заселяет все типы водоемов. Сильно варьирует численность свиязи. Но в целом этот вид относится к группе обычных, как и шилохвость, которая заселяет болота с озерками. Группу немногочисленных видов составляют чирок-трескунок, луток, хохлатая чернеть, красноголовый нырок. Кряква, обычная в других местах, в условиях таежных междуречий с узкими поймами встречается редко. На пролете перечисленные виды дополняют морская чернеть, морянка, турпан, синьга, большой и средний крохали, белолобый гусь, а также пискулька и краснозобая казарка, занесенные в Красную книгу.

Самыми обычными приречными видами отряда Ржанкообразных являются перевозчик и черныш. На болотах полуколониально гнездятся большие веретенники совместно с чибисами, фифи, турухтанами и обыкновенными бекасами. В глубине болотных массивов обычны средние кроншнепы. Отдельно от других видов на болотах у небольших озерков гнездится большой улит. Изредка на реках заповедника встречается мородунка, а на болотах длиннопалый песочник, гаршнеп и обыкновенный дупель. В последнее десятилетие отмечено сокращение численности единственного лесного кулика – вальдшнепа. Известны залеты лесного дупеля. Кулик-сорока, изредка встречающийся на пролете, требует уточнения подвидовой принадлежности. Материковый подвид кулика-сороки, включен в последнее издание Красной книги. Группу пролетных дополняют бурокрылая ржанка, галстучник, зуёк, щёголь и др. Гнездование зуйка известно на Большом Югане. Большой кроншнеп встречается редко.

Чаще всего объектами наблюдений из отряда Соколообразных являются редкие, но хорошо заметные в природе виды – орлан-белохвост и скопа. Беркут встречается редко. Крайне редко, и только на пролете, встречается сапсан.
Пребывание кречета на территории заповедника нуждается в подтверждении. Все эти виды – представители Красной книги России. Самыми обычными представителями дневных хищников являются перепелятник и чеглок. Достаточно обычны – осоед, полевой лунь и обыкновенный канюк. Тетеревятник чаще встречается в зимнее время и на пролете осенью. В летнее время встречи с ним редки. На пролете обычным видом является зимняк и дербник. Известен залет кобчика.

Отряд Совообразных на территории заповедника представлен 7 видами. Филин – самая крупная сова – включен в последнее издание Красной книги России. В последнее время самыми обычными совами являются бородатая неясыть и мохноногий сыч. Длиннохвостая неясыть немногочисленна. Самая маленькая сова
– воробьиный сыч, достаточно обычен. Самой малочисленной совой является ястребиная. Болотная сова, совершающая регулярные сезонные миграции, очень подвержена колебаниям численности.

Рыбы
На территории заповедника отмечено постоянное обитание 10 видов рыб, и еще
2 вида изредка регистрируются в прилегающих районах. В различных водоемах заповедника встречаются щука, окунь, ерш, плотва сибирская, язь, елец, золотой и серебряный караси, а также пескарь и гольян. На Большом Югане очень редко отлавливались нельма и налим.